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李婧

李婧:副教授、博士。2000年内蒙古民族大学动物科学系学士,2003年东北农业大学分子数量遗传学硕士,2007年获上海交通大学生物信息学方向博士学位,同年赴美国Vanderbilt University 生物医学信息系进行博士后研究工作。

李婧:副教授、博士。2000年内蒙古民族大学动物科学系学士,2003年东北农业大学分子数量遗传学硕士,2007年获上海交通大学生物信息学方向博士学位,同年赴美国Vanderbilt University 生物医学信息系进行博士后研究工作。2010年4月回国任上海交通大学副教授,兼上海市生物信息技术研究中心Co-PI。

主要致力于以转录组、蛋白质组数据以及生物网络为核心的复杂疾病Omics数据生物信息与统计模型、以及转基因安全信息等方面的研究。近年来分别在Nature Biotechnology、Molecular Systems Biology、Molecular & cellular proteomics 、Human Mutation、Genome Biology、Human Molecular Genetics等知名学术期刊发表SCI论文十余篇, 累计影响因子大于90。2010年获上海交通大学SMC-晨星优秀青年教师奖

主要研究方向:

1)复杂疾病基因转录组和蛋白质组的系统生物学研究

2)组学数据统计分析

3)转基因食品安全信息分析

4)生物信息软件和数据库开发

近5年代表性论文 (IF为影响因子)

1. J. Li, Z. Su, Z. Ma, R.C.Slebos, P. Halvey, D.L. Tabb, D.C. Liebler, W. Pao, B. Zhang. A Bioinformatics Workflow for Variant Peptide Detection in Shotgun Proteomics. Molecular & Cellular Proteomics. 10:M110.006536, 2011. (IF=8.8)

Y. He, M. Zhang, Y. Ju, D. Lv, Z. Yu, H. Sun, W. Yuan, F.He, J. Zhang, H. Li, J. Li, , G. Zhang , L. Xie . dbDEPC 2.0: database of differentially expressed proteins in human cancers. Nucleic Acids Research, doi: 10.1093/nar/gkr936, 2011 (IF=7.84).

2. X. Xing, Q. Li, H. Sun, X. Fu, F. Zhan, X. Huang, J. Li, C. Chen, Y. Shyr, R. Zeng, Y. Li, L. Xie. The discovery of novel protein-coding features in mouse genome based on mass spectrometry data. Genomics. 5:343-351, 2011 (IF=3.34).

3. J. Li, D. Dexter, B. Zhang. CanProVar: A Human Cancer Proteome Variation Database. Human Mutation. 31(3):219-28, 2010. (IF=7.03)

4. D. Lin, J. Li, R.J. Slebos, D.C. Liebler. Cysteinyl Peptide Capture for Shotgun Proteomics: Global Assessment of Chemoselective Fractionation. J Proteome Res. 9(10):5461-72, 2010 (IF=5.13)

5. J. Li, L. L. Zimmerman, B.-H. Park, D.L. Tabb, D.C. Liebler, B. Zhang. Network-assisted Protein Identification and Data Interpretation in Shotgun Proteomics. Molecular Systems Biology. 5: 303, 2009. (IF=12.24)

6. T.A.Addona, … J. Li, …S.A. Carr. Multi-Site Assessment of The Precision and Reproducibility of Multiple Reaction Monitoringbased Measurements of Proteins in Plasma. Nature Biotechnology.27, 633-641, 2009. (IF=29.45)

7. H.L Ball, B. Zhang, J. Riches, R. Gandhi, J. Li, J. M. Rommens, J.S. Myers. SBDS Is A Multi-functional Protein Implicated in Cellular Stress Responses. Human Molecular Genetics. 18(19): 3684-95, 2009. (IF=7.39)

8. J. Li, Z. Liu, Y. Pan, Q. Liu, X. Fu, . Cooper, Y. Li, M. Qiu, T. Shi. Regulatory Module Network of bHLH Transcription Factors in Mouse Brain. Genome Biology. 8: R244, 2007. (IF=6.59)

9. J. Li, Q. Liu, M. Qiu, Y. Pan, Y. Li, T. Shi. Identification and Analysis of The Mouse Basic/Helix-Loop-Helix Transcription Factor Family. Biochem Biophys Res Commun. 350:648-656, 2006. (IF=2.86)

主持科研项目:

1. 国家自然科学基金青年基金项目:基于生物网络模块的高通量表达谱差异分析

2. 国家重大科学研究计划 973 项目子课题: 代谢生理活动与病理过程中信号转导网络的系统生物学研究

3. 农业部转基因重大专项:外源基因和蛋白潜在过敏性分析技术

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